Der Kernbau stammt gemäss archäologischen Untersuchungen aus dem 12. Jahrhundert. 1356 ist die Kapelle erstmals in einem Kirchenverzeichnis erwähnt. Damals diente die Kapelle als Filiale der Kirche Rümlang. Für eine Filialkapelle hatte diese eine ansehnliche Grösse. Zu dieser Zeit war das Oberdorf von Seebach zu Rümlang kirchengenössig und das Ausserdorf gehörte zur Kirche Kloten. Der Katzenbach bildete die Grenze. 1961 stellten Archäologen fest, dass die Kapellenbreite jener der heutigen Kirche entsprach. Urkundlich ist belegt, dass 1534 einem Rudolf Brogli erlaubt wurde, in der Kapelle zu wohnen. Als die Kirche 1664 neu gebaut wurde, musste zuerst die ‚Haushaltung‘ umplatziert werden. So ist belegt, dass die Kirche bis zum Neubau bewohnt war.
Niklauskirche/Kirche Maria Lourdes/ Markuskirche
Dieser Neubau kam durch Bemühungen der Seebacher zustande. Sie begründeten eine eigene Kirche mit dem hohen Wasserstand (Pegel von Katzenbach und Glatt im Herbst/Winter/Frühling) was den Besuch der Gottesdienst in Rümlang und Kloten verunmöglicht haben soll. Nach einem Augenschein bewilligte die Obrigkeit den Bau.
Bilder der Kirche unter anderem von alten Ansichtskarten und einer Ausstellung des VOS zum Thema 'Konfirmiert in Seebach' (2012)
